Problema spegnimento

[Puppauz]

Attualmente ho questa configurazione: hd IBM 30 GB con 3 partizioni con sulla prima Win ME e un hd Samsung da 1.7 GB con Win 98se.
Ho installato un boot manager e per quanto riguarda l'avvio dei sistemi operativi é tutto ok. Anche per nascondere le partizioni é tutto a posto.
Il problema sorge allo spegnimento del pc.
Se arresto il sistema da Win 98 il pc si spegne, se cerco di arrestarlo da Win ME, dopo un po' di affaracci suoi, compare la schermata ora é possibile spegnare il computer, ma, non solo non si spegne, rimane anche accesa la spia degli hard disk e l'unico modo per fermare la macchina é quello di tenere premuto il pulsante di accensione per 5 secondi...
Da cosa potrebbe essere causato e come potrei risolverlo?

Giusto per precisare IBM primary master, Samsung primary slave, masterizzatore sencondary master, cd secondary slave.
Prima di installare il secondo disco tutto era ok e Win ME funzionava abbastanza bene...