E' cambiata l'icona della partizione.

[borgata]

Oppure semplicemente Start -> Esegui -> diskmgmt.msc
Selezioni la partizione e la elimini (tasto destro -> elimina partizione). Fai attenzione ovviamente, perchè i dati che contiene verranno persi.
Poi ricrei una nuova partizione nello spazio vuoto lasciato dalla precedente.
Magari tra un'operazione e l'altra disconnetti e riconnetti l'utente, o per lo meno riavvia l'exploer.

Per la questione linux, non vedo come abbia potuto modificare il registro di windows, la causa è di sicuro da ricercare altrove.

Il fatto che comunque ci siano altri problemi fa supporre che la questione sia più grave di una semplice impostazione persa. O qualcosa non va nel registro, o ti sei beccato qualche intruso nel pc.