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Torna indietro   WinTricks Forum > Off Topic > Calcolo Distribuito

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Vecchio 28-06-2002, 01.51.26   #1
numerone
Newbie
 
Registrato: 22-06-2002
Messaggi: 26
numerone promette bene
Liganfit?

Mi é arivata una mail dall'UD Agent che dice:

"You are receiving this e-mail because our records indicate you downloaded software from the Intel web site and are participating in the Intel-United Devices Cancer Research project.

As previously announced, the application used for this project will change from THINK to LigandFit by the end of June. This is only a change of application and does not affect the basic nature of the research being done. You will notice a change to your device profile. In the "Current Distributed Computing Projects" section of your device profile, we will be adding "United Devices Cancer Research Project, phase II" under "Primary Projects", so you will see two primary projects listed for a short time. In the coming weeks we will remove the "Intel-United Devices Cancer Research Project" from the list.

This does not change your control over the projects you run. You will always be told what projects are running and have the option to opt-out of a project.

Thank you for your support and participation.

Regards,
United Devices Member Services
members.ud.com"

Chi sa dirmi qualcosa di più?
___________________________________

numerone
numerone non è collegato   Rispondi citando
Vecchio 28-06-2002, 16.26.20   #2
Jekol
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Registrato: 10-01-2002
Loc.: Catania
Messaggi: 1.495
Jekol promette bene
Oberdan ne aveva parlato qui
___________________________________

già Cruncher for WinTricks.it Italian Team
Jekol non è collegato   Rispondi citando
Vecchio 28-06-2002, 17.08.45   #3
cserra
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Registrato: 18-01-2001
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Messaggi: 225
cserra promette bene
Questo Liganfit sembra abbastanza sfiziusiello, anche se le "controindicazioni" sembrano parecchie.
Ora ho un P4 1.8 Ghz che sta macinando ed ho un po' di fifa in quanto dubito fortemente che UDMon riesca a raccapezzarci qualcosa.
Anche con questo software la gestione dei checkpoint e' alquanto criptica e faragginosa cosi' come e' posssibile evincerlo dalle qui riportate Known Issues.

Known Issues and General Info for LigandFit version NT_0.1.1 (2809)

General Info:

LigandFit starts by running an Energy Grid calculation.
LigandFit checkpoints after every Ligand.
When restarting from checkpoint LigandFit must run the energy grid calculation again.
LigandFit uses OpenGl to display graphics. All versions of Windows 98 and above ship with an OpenGL software dll. If you find yourself in need of an updated OpenGL dll check out http://www.opengl.org.
While graphics are displayed the UD.exe will use some CPU to perform the graphics. UD.exe will not take this extra cpu time if the LigandFit graphics are not displayed.
If you have minimal free RAM or VM no Graphics will be displayed, but instead a static graphics that looks like the banner at http://www.chem.ox.ac.uk/curecancer.html.
You Must have 32MB RAM minimum to participate.
LigandFit workunits can be up to 150K in size. Current workunits have 300 Ligands in each workunit.
The First resdata is 63K in size.
LigandFit results are larger than previous projects. Current expectations are in the range of 500K. Workunits are expected to be ~20 hours in length. We are working to find ways of making this a smaller upload.

Known Issues:

When restarting from a checkpoint the Ligand progress count will display 0 of 300 not the location you left off on. This will change once the next Ligand is reached. On the main page the percent complete and cpu time do start and show percent and time when restarting from checkpoint. We are working to fix this behavior so it shows the Ligand you left off on (ie 40 of 300.)
There is currently no display of the protein name or description. We are working to provide this.
Ligand 3D structure does not display Chlorine properly. It will show up grey like Carbon. This is only a display issue. A Fix in progress.
It is possible to detach the Task graphics screen. To correct Minimize the Task graphics window and the UD agent window. If you minimize the UD Agent before Minimizing the Task graphics it is possible to get a Run-time error '384' by clicking on other button in the Task Graphics Window. The agent will terminate when clearing the error window. Fix is in progress.
A pause when switching to task graphics screen exists. The switch to the task graphics is not instant and it can take a few seconds on a decent machine and a little longer on slower machines for the graphics page to display. We are looking for ways to continue to speed this up.
cserra non è collegato   Rispondi citando
Vecchio 28-06-2002, 22.28.30   #4
hankmccoy
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Registrato: 30-04-2001
Loc.: Lentini
Messaggi: 83
hankmccoy promette bene
Ecco uno screenshot di Ligandfit
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Vecchio 28-06-2002, 22.40.40   #5
albyz
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albyz promette bene
DOVE??
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albyz non è collegato   Rispondi citando
Vecchio 29-06-2002, 00.58.27   #6
Lionsquid
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Lionsquid promette bene
anch'io....

dopo 6 reset e conseguente perdita di circa 50 ore di calcolo mi sono girate,..... è ho ranzato via la proteina :anger:


mi sono ritrovato il Ligandfit

UD monitor non sembra accorgersi che UD sta macinando...funzionerà????

vediamo se riesco ad allegare....visto i problemi recenti....


niente! ancora non hanno sistemato...
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... questi politicanti, ex fascisti, ex leghisti, piduisti a tempo pieno usano la crisi per rafforzare il loro potere ed eliminare gli altri, dalla magistratura, al Parlamento, alla Corte dei conti, alla presidenza della Repubblica....
Beppe Grillo
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Vecchio 29-06-2002, 20.34.37   #7
Oberdan
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Oberdan promette bene
Ho lasciato il PC incustodito per un paio di giorni e, al mio rientro, ho constatato che UD Agent aveva fatto autonomamente l'upgrade a LigandFit, che ora sta scaccolando a tutta manetta.
Il software riprende tranquillamente il lavoro dal punto in cui era stato interrotto, ma effettivamente c'è, almeno al momento, la palla al piede dell'Energy Grid Calculation che viene comunque rieffettuato ad ogni riavvio del client.
Concordo pienamente con Cicci sul fatto che UD Monitor, così com'è ora, non sia in grado di effettuare un backup corretto e quindi nemmenu un giusto ripristino in caso di necessità.
Invece credo che non abbiamo elementi sufficienti per dire quale sia la situazione dei checkpoints: se sia ancora bislacca e schizoide, come in precedenza, o se sia stata rivista e corretta.

In ogni caso mi pare che ai fini della ricerca le cose siano incoraggianti e che il progetto prosegua con successo! Speriamo bene!!!
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Oberdan WinTricks.it Italian Team
Oberdan non è collegato   Rispondi citando
Vecchio 29-06-2002, 22.06.25   #8
cserra
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Loc.: Napoli
Messaggi: 225
cserra promette bene
Ue' Oby!

anch'io ho lasciato un po' di macchine incustodite negli ultimi giorni e le ho trovate che avevano fatto un'innumerevole quantita' di tentativi di scaricare qualcosa dai server UD, beccandosi puntualmente gli "unable to connect"...

Tra l'altro ho avuto modo di monitorare almeno un results del Ligandfit e la pessima novita' e' che il results da rispedire e' piu' di 6 (incomprimibili) megabytes!!!

Questo fatto (ammesso che i server funzionino a dovere) mi sgarra i timings di UD DialUp attualmente settati a 10' max., il notebook ha impiegato piu' di 20' tra il sending ed il recieving della nuova caccola.

Occhiometricamente parlando mi sembra che UD sia diventato alquanto dispendioso per chi ha una connessione Dial Up non Flat!

Salumi a tutti.
cserra non è collegato   Rispondi citando
Vecchio 30-06-2002, 03.00.31   #9
Lionsquid
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Ue' Oby!

anch'io ho lasciato un po' di macchine incustodite negli ultimi giorni e le ho trovate che avevano fatto un'innumerevole quantita' di tentativi di scaricare qualcosa dai server UD, beccandosi puntualmente gli "unable to connect"...

Tra l'altro ho avuto modo di monitorare almeno un results del Ligandfit e la pessima novita' e' che il results da rispedire e' piu' di 6 (incomprimibili) megabytes!!!
...........




vero, anche la mia è di 5622Kb....cavoli!!

da ben 4 ore non si connette...meno male che ho ancora l'ADSl gratis...ma effettivamente, in dial up ci vuole una fortuna

speriamo che "confezionino" caccole + piccole....

bye

PS... Ho perso tutte le caccole (PTP) sul server .... ho fatto il backup a mano delle restanti 3 PTP...
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Beppe Grillo
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Vecchio 30-06-2002, 03.47.31   #10
cserra
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cserra promette bene
Murphy docet,

quella in DialUp da 6Mb, quella sull'Adsl casalinga 1.9Mb!

Comunque non riesco a mandare neanche questa...

Sono pero' riuscito ad aggiornare pochi minuti fa l'ultima device rimastami in Ligandfit.

Quindi i problemi dei server sono abbastanza random...

Vedo che anche il notebook ha terminato un result_0 da ben 6.9Mb e per mandare questo mi conviene farmi buddista

Salam

P.S. Oby con i tuoi immensi moderatorici poteri non e' che potresti aggiungere una "d" nel subject? Non credo che numerone se ne abbia a male...

Ultima modifica di cserra : 30-06-2002 alle ore 03.50.51
cserra non è collegato   Rispondi citando
Vecchio 30-06-2002, 05.15.49   #11
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Assolutamente no,
appena ho letto di liganDfit mi sono preoccupato in quanto ho rilasciato il mio primo programma semiserio (un gioco di briscola) che vive "in simbosi" con l'UD Agent e mi sono preoccupato di dover aggiornare tutto.

Cmq ho fatto l'aggiornamento a Lingandfit e risulta tutto ok.

Chi l'avrebbe mai detto che Cicci e "sorrenticchio" avrebbero avuto modo di leggersi online?

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numerone
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Vecchio 30-06-2002, 15.56.07   #12
Oberdan
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Vediamo di cominciare a fare un po' di chiarezza su questa seconda fase del progetto (LigandFit):
[list=a][*]Al momento, a dispetto di quanto annunciato dallo staff di UD, le dimensioni del file contenente i risultati dell'elaborazione, sono del tutto variabili e purtroppo notevolmente maggiori dei 500Kb annunciati. [*]Probabilmente proprio per questa ragione e a causa del contemporaneo aggiornamento dei clients stiamo sperimentando estenuanti attese nell'inviare e ricevere dati ai e dai servers (personalmente ho atteso dalle 11 di ieri mattina fino alle 8.10 di oggi ).[*]L'attuale versione di UD Monitor (1.7.5c), insomma quella che abbiamo usato fino ad ora, è perfettamente in grado di fare il backup e il restore anche di LigandFit. Potete fidarvi, l'ho provato di persona e funzia! [*]Per i curiosi e gli ansiosi... Non vi sono dichiarazioni ufficiali sulla durata di questa seconda fase. Sui vari forums dedicati al nostro progetto sono state fatte stime e controstime di ogni ordine e grado; ma la conclusione più frequente di tutte queste elucubrazioni, ovvero che basterebbero un paio di mesi per completare il lavoro, non mi convince affatto. ;-)[/list=a]

Bene! Al momento penso non vi sia altro degno di nota.
Ahhhhh si... dimenticavo:

Scaccolate a manetta e non fatevi abbattere da qualche problema! (Y)
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Vecchio 30-06-2002, 18.28.20   #13
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Vecchio 01-07-2002, 16.50.56   #14
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Originariamente inviato da Oberdan [list=a][*] [*]Probabilmente proprio per questa ragione e a causa del contemporaneo aggiornamento dei clients stiamo sperimentando estenuanti attese nell'inviare e ricevere dati ai e dai servers (personalmente ho atteso dalle 11 di ieri mattina fino alle 8.10 di oggi ).[/list=a]
....i 2 pc in ufficio, connessi 24/24 stanno cercando di aggiornarsi rispettivamente uno dalle 17:50 del 28/6 e l'altro dalle 9:49 del 29/6...

A casa, invece, li ho spenti, dopo un intero weekend di inutile attesa dell'aggiornamento...
___________________________________

ClipperItaly
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Vecchio 01-07-2002, 20.09.46   #15
Oberdan
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Fossi in te adesso riproverei, nonno Clipper.
Dai ascolto allo zio Oby, che a quanto pare hanno tolto il tappo; almeno quello grosso di sicuro! (Y)
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