Io installo solo i pacchetti base, poi configuro apt-get e lo uso per installare il resto. Fare una lista del necessario non è semplice perchè dipende da caso a caso. Se per esempio devi utilizzare la macchina come firewall dovresti ricompilare il kernel per attivare il masquerade, in questo caso devi installare i tools di compilazione. eventualmente potrei fornirti la lista dei pacchetti che ho installato sulla mia woody che uso come gateway/firewall.
Per la configurazione di iptables dovrebbe bastare un editor di testo per aggiungere le regole, perchè in un server normalmente è meglio non installare proprio l'interfaccia grafica ma lavorare esclusivamente da console.