Beh... è ovvio che la disabilitazione dell'Autoplay è un palliativo, cura i sintomi ma non il male. Quale preferisci dei due, la finestra che si apre o disabilitare l'autoplay?
Per prima cosa una domanda: l'altro device esterno che usi per il backup è un SSD o un HD meccanico?
Se è un classico disco esterno auto alimentato potrebbe essere l'equivalente di un SSD e non è sicuramente il più adatto per fare copie di sicurezza.
La chiavetta presumo serva a "salvare" dati sensibili oltre al salvataggio periodico sul disco di backup.
Non è mai consigliabile eseguire copie su memoria esterna: quando si rompe è difficilmente recuperabile anche dai servizi appositi.
Se il problema fosse il mio (al di la delle premesse) per prima cosa proverei a cambiare chiavetta e provare se con un'altra il problema continua. Potrebbe semplicemente essere la chiavetta che si surriscalda e andando in protezione si scollega dalla macchina, oppure potrebbe essere un problema di falso contatto nella chiavetta o nella presa. Provare costa poco come costa poco provare a mettere il disco di backup su quella presa e vedere cosa succede.
Le conclusioni a dopo...
L'autoplay sta agli antipodi della sicurezza: mai capitato di leggere una chiavetta che non è la tua? Preferisci mettere a repentaglio la sicurezza della macchina e dei dati a cui tanto sembra tu tenga per non dare qualche click col mouse?