Ma "due applicazioni qualsiasi" oppure specifiche? Se sono specifiche potrebbe essere un problema risolvibile con aggiornamenti vari, se non lo sono allora, come Semi.genius ha fatto notare, potrebbero esserci processi sospetti...fai scan e controllo del log con HijackThis e controllo on-line
http://hijackthis.de/index.php.
Se individui processi strani eliminali, se non li elimina (cosa per altro probabile dati i livelli di utilizzo della CPU) allora riavvia in modalità provvisoria e eliminali...
Ti saluto
Facci sapere
Ciao
Ciao