1) Dipende dalle librerie e dalle chiamate di sistema che sfrutta questo applicativo: se utilizza API di Windows, sotto Linux avrà dei problemini a girare
(e viceversa, ovviamente)
2) Non hanno estensione, di norma. D'altra parte l'estensione di un file è semplicemente una convenzione, il sistema operativo (e, in genere, i programmi) possono elaborare file indipendentemente dall'estensione che questi hanno.
3) Convenzione comune
4) Vedi risposta 1