[LoryOne]

Secondo me dovresti iniziare copiando il solo contenuto della cartella e poi quello delle sottocartelle.
Così com'è strutturato, però, presenta un problema:
Se non figurano cartelle in quella che passi come parametro, lo script non fa nulla.
C'è qundi da usare un "for %%B in ("%1\*.*") do ..." prima di tutto.
I files in enumerazione hanno tutti l'attributo archive attivo (non directory), quindi anche se non presentano estensione vengono presi in considerazione.
Basterebbe un "attrib +h nomefile" per non enumerarlo, ma non so se devi prendere in esame anche questa casistica specifica.
In ogni caso, con dir agisci come meglio credi.