se come sistema operativo sul PC hai installato WinXP, usare Fdisk è proprio l'ultimissima cosa da fare
Usa Partition Magic, che è sempre la scelta migliore per qualsiasi operazione di partizionamento: è sicuro, veloce, affidabile. Fai comunque un backup dei dati (non si sa mai, basta che salti la corrente mentre partizioni).
E se funziona tutto... Che bisogno hai di formattare?
Se hai delle partizioni configurate male, riconfigurale col Partition magic, e basta. Non c'è bisogno di formattare, a meno che non ci siano proprio grossi (ma grossi grossi) problemi di funzionamento.