non ho mai usato XXCopy, quindi il mio consiglio è indiretto.
Copia i file usando lo stesso comando che usi adesso, avrai i file .doc nelle directory corrette e altre directory vuote, giusto?
Poi usa questo piccolo tool, Remove Empty Directories, per cancellare le directory vuote
http://www.jonasjohn.de/lab/red.htm (richiede il .NET Framework 2.0)
oppure quest'altro, Fast Empty Folder Finder
http://www.listeningpc.com/app.php?id=112
in due semplici e veloci passi hai ottenuto quel che cercavi, senza uscire pazzo con le opzioni di XXCopy (magari il modo c'è anche solo usando questo, ma ripeto, mai usato)