[borgata]

Il CSV è un formato di testo, puoi unire i file con il blocco note (magari uno un po' serio tipo notepad++).

Per i campi mancanti devi aggiungere delle virgole (due virgole affiancate significano un campo vuoto) se vuoi utilizzare il formato del file con più voci o eliminare le voci in eccesso se vuoi utilizzare il formato con meno voci.

A mio parere la sostituzione potrebbe essere fattibile con un'espressione regolare ben scritta, l'uso della virgola come separatore dovrebbe consentire un riconoscimento dei campi abbastanza semplice se non ci sono virgole all'interno dei dati (questo complicherebbe un po' le cose).

In alternativa dovrebbe essere possibile importare il file all'interno di un programma come calc o excel sfruttando i nomi delle colonne: la routine di importazione dovrebbe associare le colonne correttamente.