Allora,
ti consiglio di staccare l'alimentazione di entrambi i dischi, disabilitarli dal boot non è sicuro poiché qualche routine potrebbe bypassare il bios e fare un detect a basso livello dei dischi, staccando l'alimentazione non corri questo rischio.
Dopo l'installazione di windows sul device rimuovibile, riattacchi gli hd a pc spento, al riavvio successivo vai direttamente nel bios e verifichi / reimposti il device di boot che deve essere quello rimuovibile dove c'é installata la nuova copia di windows; il sistema partirà con quella copia senza considerare che negli hd è installato un altro sistema.
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