ExFAT è tutt'altro filesystem e non è supportato dalle periferiche o lettori che supportano FAT32.
Oramai Linux supporta molto bene anche NTFS, in scrittura è affidabile e i problemi degli anni passati sono stati risolti.
NTFS ha più compatibilità, feature superiori (journaling, compressione nativa, ADS), ExFAT va un pò meglio per le pen drive... dipende dall'uso che si vuole fare
Personalmente con NTFS faccio tutto.