Per avviare il PC dal disco sata collegato al controller aggiuntivo, devi cercare nel BIOS della scheda madre la voce che ti permette di fare questo... cmq in questa situazione non credo guadagnerai molto nel passare il sistema operativo sul disco sata, tranne se l'hard-disk nuovo sata è + veloce di quello ATA133...
Per risponderti in maniera precisa servirebbe sapere il modello della scheda madre ed i modelli precisi degli hard-disk... altrimenti posso solo darti indicazioni basate su supposizioni...