Il bisticcio con il quote è dovuto al fatto che, se guardi il tuo post #5, parte delle tue risposte sono dentro la mia citazione, come se fosse qualcosa che ho scritto io.
Devi dividere la citazione in più blocchi "quote", oppure mantenere il blocco unico e rispondere tutto assieme fuori dal blocco.
Così com'è ora è decisamente poco leggibile e comprensibile (io l'ho decifrato perchè so cosa ho scritto, ma per gli altri è un minestrone incomprensibile).
Tornando a metapad, io ho provato proprio la 3.6, quindi ti confermo che non è c'è nulla a proposito.
Non credo comunque che ci siano problemi "a monte", credo semplicemente che l'uso di quel colore sia una scelta comune adottata da molto software, perchè considerato il colore "tipico" dei link.
Insomma, è un problema solo per te perchè quel colore per qualche motivo non ti piace, ma dubito che gli autori dei software citati lo vedano come tale.
Puoi provare a cercare un notepad alternativo che consenta di personalizzare il colore, o contattare l'autore di metapad per chiedergli questa piccola aggiunta.