http://www.java.com/it/download/faq/java_diff.xml
Per quello che ti serve è più adatta la JRE, comunque se hai la J2SE puoi anche usare quella.
Con questo allegato chiarisco come fare per abilitare Java Sun come predefinito. Da quanto hai spiegato ti viene richiesta l'installazione della JVM di Microsoft, da evitare, in quanto è stato interrotto il supporto tempo fa. Per questo l'esigenza di abilitare Java Sun su IE.