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Fdisk non é il migliore strumento per sistemare le partizioni su dischi grossi...
Ho già avuto anch'io diversi problemi usando fdisk.
Se hai un cd di Win 2000 o XP, puoi usare l'installazione del sistema operativo per partizionare e poi abbandoni l'installazione.
Altrimenti in internet trovi diversi strumenti alternativi a fdisk, tra cui uno dei migliori che contiene diversi tools é Ultimate Boot CD
http://www.ultimatebootcd.com/