1) certo, sono indipendenti, però se hai un boot manager che vede entrambi i sistemi non devi fare i salti con il bios per avviare l'uno o l'altro. Insomma, questione di comodità.
2) no, l'immagine dovrebbe ripristinare tutto, boot manager compreso. Quello che non farà è fare l'installazione del boot manager, che verrà copiato così come era.
Senza installazione il boot manager non potrà riconoscere il sistema già installato e quindi generare il menu che ti consente di scegliere all'avvio.
3) niente da dichiarare
4) Ma il sistema è indipendente, però il suo boot manager saprà riconoscere gli altri sistemi ed avviarli nel momento in cui è attaccato!
Gli altri sistemi non dipendono da win7 perchè nel momento in cui stacchi il disco con win7, potrai avviare gli altri sistemi con il loro boot manager.
5) Il problema della primaria avviabile è solo per alcuni sistemi. Linux per esempio da sempre avvia anche su partizione estesa. Insomma, è un limite che aveva windows.
Sinceramente però non so come sia la situazione con i sistemi attuali.
Lascia al più un'altra primaria, il resto fallo in estesa.
6) si, in effetti potresti
Oppure potresti collegare il disco esternamente ed abilitarlo/disabilitarlo quando serve da bios.