Benvenuta prima di tutto!
XP e 2000 sono molto ostici da codesto punto di vista...
Cambiando infatti hardware sotto il naso difficilmente avrai un sistema stabile e, molte volte il pc neanchè si avvia.
Consiglio spassionato che ti dò...
Fai partire l'istallazione funzionante, verifica di riuscire a vedere come slave l'hd con la vecchia istallazione, recuperati i dati che ti interessano, formatta di nuovo il vecchio hd e, se vuoi una nuova installazione in dual boot procedi con una nuova installazione.
A questo punto vedrai che la scelta al boot funzionarà bene.