[LoryOne]

Lo so, capitato diverse volte.
Lascia gli spezzoni nel formato originale e taglia tutto cio che vuoi;
Estrai la traccia audio di ogni spezzone e salvala in mp3;
Apri ogni singolo spezzone e ricodificalo in identico formato per tutti, ma in formato differente rispetto all'originale. (Purtroppo perderai definizione, ma non troppo);
Sovrapponi ad ogni spezzone la traccia mp3 (bitrate 160 o qualità CD che dir si voglia) precedentemente salvata;
Unisci gli spezzoni;
Guarda che c'è anche la possibilità di impostare ritardo o anticipo in ms della traccia audio.
Comunque è strano che da un unico video splittato crei problemi nell'unione di eventuali spezzoni che derivano da esso.

ps: Per i veri esperti: Alcuni frames contengono delle informazioni "particolari" che appositamente desincronizzano l'audio in caso di unione (Per tale motivo lo si ricodifica solo per far prima). Controlla bene frame x frame nella barra di scorrimento.