http://support.microsoft.com/kb/174619/it
E' un grosso problema del filesystem NTFS, il Master File Sistem alloca i file piccoli e contemporaneamente gestisce i puntatori per i file grandi; non ho risposte certe da darti, posso solamente suggerirti di provare con seven che ha una gestione migliore del checkdisk. Spero che altri possano suggerirti alternative migliori