Beh si in effetti in questo contesto i comandi esci e disconnetti, se sono li e non funzionano, non servono a molto.
Comunque leggendo
qui, pare che il nuovo Skype utilizzi le notifiche push.
Questo significa che il programma viene si chiuso, ma l'arrivo di messaggi e chiamate è in grado di riaprirlo per permetterti di rispondere. Forse "Esci" fa proprio questo: esce dall'applicazione e passa il controllo alle notifiche push.
"Disconnetti" però dovrebbe di fatto disconnettere...
Giusto per aggirare il problema, hai verificato se esiste qualche applicazione (che temo però debba richiedere permessi di root) che consente di bloccare skype con un click?
PS: cercando su google informazioni su Skype che NON si disconnette, saltano fuori topic sul fatto che Skype si disconnetta da solo... il problema di cui ti parlavo prima!