Il cleanmgr di windows è semplicemente quello che in windows si chiama "pulitura disco".
Con tutte le opzioni selezionate, elimina tutto quello che c'è da eliminare, senza eliminare file vitali (cosa che potrebbe accadere con i programmi di terze parti come ccleaner e wise care 365 e simili).
I "file missing" che si vedono in hijackthis non sono da eliminare: è semplicemente hijackthis che non è stato più aggiornato dopo una certa data per poter lavorare con i sistemi a 64 bit, perciò dà quel messaggio contraddittorio.
In generale, quando si utilizzano strumenti per ripulire windows che non siano di microsoft, bisogna prendere molte precauzioni (nuovo punto di ripristino, immagine di sistema e backup dei file personali)... Che comunque vanno prese anche se si utilizza solo software di microsoft.
Ccleaner e wise care 365 hanno la funzione di farti vedere (e volendo disattivare)
in modo semplice i processi che partono all'avvio: operazioni pianificate, programmi che si sono autoimpostati per avviarsi con windows, voci aggiunte al menu contestuale (del "click destro"), plugin dei browser, ecc...
Quale programma tenere per la pulizia di windows?
Solitamente cleanmgr impostato come ho scritto è più che sufficiente e non dovrebbe fare danni.
Se ne scarichi delgli altri, potrebbe diventare una dipendenza (e io ne so qualcosa: ho ccleaner, wise care 365, kcleaner, ashampoo winoptimizer, kerish doctor, glary utilities e system mechanic), e, come tutte le dipendenze, può portare all'autodistruzione (del sistema operativo, in questo caso).