[LoryOne]

Allora devi ricorrere a dir per elencare anche i files nascosti.
La tua indecisione, non pregiudica lo script: Puoi creare prima tutta la struttura, poi copiare i files, oppure fare una e l'altro contemporaneamente.
Ordinando le cartelle per nome sei sicuro di non incorrere in errori di creazione percorso, salvo quello di percorso/file già presente in destinazione in caso di riutilizzo dello script...ma la gestione delle eccezioni la vedrai mano a mano che lo script prenderà corpo da quell'esempio di base, gestendo opportunamente gli ErrorLevel per i quali quasi tutti i comandi della shell sono predisposti a fornire come indicativi specifici, per ogni eccezione numerata (Ossia, il classico function return del C).
E' molto probabile che anche xcopy, visto che da tempo è entrata a far parte del set di comandi della shell già dai tempi di MS-DOS, restituisca un ErrorLevel diverso in funzione dell'eccezione riscontrata.