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Se hai un sistema operativo come win 2k/xp puoi formattare la partizione utilizzando il cd di installazione, se hai sempre xp o 2k e hai come file system il Fat puoi anche formattare la partizione mediante il buon vecchio floppy dei 9x, se hai un sistema 9x, quindi (95 98 ME) formatti con il floppy da dos.
Comunque non dimenticare che esistono programmi tipo Partition Magic che oltre a darti un controllo completo sulle partizioni ti consentono anche di formattare.